Η Ειδική Αγωγή και Εκπαίδευση σε όλες τις βαθμίδες: Σχολικές Μονάδες Ειδικής Αγωγής και Εκπαίδευσης (ΣΜΕΑΕ), Ενιαία Ειδικά Επαγγελματικά Γυμνάσια-Λύκεια, Εργαστήρια Ειδικής Επαγγελματικής Εκπαίδευσης και Κατάρτισης, καθώς και τα τμήματα ένταξης και η παράλληλη στήριξη.

Η ενότητα παρακολουθεί το θεσμικό πλαίσιο με αφετηρία τον ν. 3699/2008, τις αναθέσεις μαθημάτων, τον τρόπο εξέτασης των μαθητών με αναπηρία και ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες, στις ενδοσχολικές και στις Πανελλαδικές εξετάσεις, και τις αποφάσεις για το προσωπικό που τους υποστηρίζει.